$handle=opendir('dir'); //Указываем каталог, список файлов в котором необходимо узнать
$file = readdir($handle); // читаем каталог в массив, но этот массив меня не устраивает, поэтому создаем новый:
while (false !== ($file = readdir($handle))) {
   if ($file == "..") continue; //эта строчка предотвращает попадание в пассив файла ".." (в линуксе это переход в предыдущую папку)
   if ($file == ".htaccess") continue; //файл .htaccess, который также есть в папке dir мне не нужен
   // по такому же принципу можно исключить и другие файлы
   $mfile[] = $file; //формируем новый массив
}
closedir($handle); //закрываем папку